いずれにせよ、LOTWでの確認時間の間隔は30分以内なので、精度について心配する必要はありません。
私の場合は、通常の音声での通信(例えば、電報など)の場合、一度の通信時間が長くなる可能性があるため、5分間隔で記録しています。例えば、ある友台との間で23分から29分の間に通信があった場合、「25」または「30」と記録します。衛星との通信では、短時間で複数のQSOが発生することがありますが、私はスマートフォンに追星ソフトウェアを起動したまま、通話の録音を行う習慣があります。その後、録音を聞き返す際に、通信時間を正確に記録することができます。